Archivage des factures électroniques : que faut-il vraiment retenir ?

Derrière l’apparente simplicité des factures électroniques se cache, en réalité, un enjeu de taille. En France, la numérisation des échanges commerciaux progresse à pas de géant. Et avec la réforme de la facturation électronique qui se profile à l’horizon 2026, les entreprises n’ont plus le luxe d’attendre.

L’archivage ne se limite plus à stocker des fichiers quelque part dans le cloud ; il faut désormais pouvoir garantir que ces documents seront valables juridiquement, intacts, lisibles, et disponibles… même des années plus tard, parfois dans un contexte de contrôle fiscal ou de contentieux.

Pour 2025, deux priorités se dégagent : comprendre les obligations légales en matière de durée de conservation, et adopter des pratiques d’archivage fiables, pour éviter de mauvaises surprises.


Ce que dit la loi (et ce qu’il faut réellement retenir).

Les durées de conservation : 6 ans ou 10 ans ?

D’un côté, la loi fiscale – via l’article L102 B du Livre des procédures fiscales – impose une conservation de six ans. C’est la durée pendant laquelle l’administration peut revenir sur les déclarations d’une entreprise.

Mais ce n’est pas tout. Le Code de commerce, lui, est plus exigeant : selon l’article L123-22, les pièces comptables, dont les factures, doivent être conservées dix ans après la clôture de l’exercice.

, ilRésultat ? Pour être tranquille, Il vaut mieux s’aligner sur la durée la plus longue. Dix ans, c’est la norme que beaucoup d’experts recommandent — même si ce n’est pas celle qui est mise en avant en premier lieu.

Particularités de l’archivage numérique

Archiver une facture électronique ne signifie pas simplement la sauvegarder. Il faut qu’elle reste fidèle à sa version d’origine, qu’elle soit intacte et surtout… lisible. Ce n’est pas accessoire : en cas de contrôle, il faudra pouvoir prouver que le document n’a pas été altéré et qu’il est toujours consultable dans des conditions équivalentes à celles de sa création.

Avec la généralisation progressive de la facturation électronique (grandes entreprises dès septembre 2026, les autres en 2027), le temps presse. 2025 est l’année charnière pour se préparer sérieusement.

Comment bien archiver en 2025 ? Cinq bonnes pratiques

1. Utiliser un outil certifié (et ne pas se contenter d’un simple serveur)

L’archivage à valeur probante suppose un système robuste, conforme aux normes reconnues comme la NF Z42-013 ou l’ISO 14641-1. Cela peut prendre la forme d’un SAE (Système d’Archivage Électronique) ou d’un coffre-fort numérique. Attention : tous les outils de stockage ne se valent pas.

2. Sécuriser l’intégrité et l’origine des documents

Horodatage, signature électronique, scellement : ces dispositifs ne sont pas là pour faire joli. Ils servent à garantir que le fichier n’a pas été modifié depuis son émission. Le format de conservation doit rester stable, ou être converti de façon totalement fiable si nécessaire.

3. Rendre les documents faciles à retrouver

Un bon archivage, c’est aussi une question d’organisation. Classement logique, indexation intelligente, ajout de métadonnées : ces éléments évitent de perdre un temps fou à chercher une facture précise le jour où elle est demandée.

Et surtout, il faut que les fichiers restent accessibles à tout moment, même plusieurs années plus tard — ce qui implique parfois de prévoir des migrations de format ou de support.

4. Anticiper la fin de vie des documents

Tout a une fin, y compris les obligations de conservation. Une fois les dix années écoulées, les documents peuvent être supprimés — mais pas n’importe comment. Il faut pouvoir prouver que la destruction a été faite dans les règles, avec une traçabilité complète.

Une politique claire sur ce sujet (qui conserve quoi, combien de temps, et comment) est indispensable.

5. Penser dès maintenant à la réforme de 2026

La réforme de la facturation électronique ne concerne pas seulement l’émission et la réception des factures. L’archivage en fait pleinement partie. Avoir une plateforme de facturation compatible ne suffit pas : il faut s’assurer que cette plateforme, ou un outil complémentaire, prend bien en charge l’archivage certifié.

Sources

  • « Combien de temps faut‑il conserver les factures en France ? » – go.sellsy
  • « Archivage des factures électroniques : obligations légales, durée de conservation et bonnes pratiques ». esker
  • BOI‑CF‑COM‑10‑10‑30‑10 (BOFiP) – Durée de conservation des documents. Bofip
  • « Le guide 2025 pour archiver une facture électronique » – Indy
  • « Archivage électronique à valeur probante : définition et enjeux » –freedz
  • « La facturation électronique interentreprises : enjeux, obligations et solutions » – zeendoc
  • « Généralisation de la facturation électronique au 1er septembre 2026 » – Entreprendre Service Public
  • « Conservation des factures : obligations artisans Et TPE du bâtiment » – Obat
  • « Conservation des factures : quel délai ? » – Sage Advice France. Sage
  • « Facturation électronique : cadre légal et les obligations » – ERP‑CSmart. CSMAR

Ces erreurs qu’on voit (trop) souvent en matière d’archivage électronique

L’archivage des factures électroniques est, pour beaucoup d’entreprises, un terrain glissant. Ce n’est pas qu’elles ne veulent pas bien faire – au contraire – mais entre les contraintes techniques, les obligations légales et le manque d’information, les faux pas sont fréquents. Et parfois, ils peuvent coûter très cher.

Voici quelques écueils que l’on retrouve encore trop souvent en 2025.

Penser que 6 ans, c’est suffisant

C’est un raccourci assez courant : comme l’administration fiscale peut remonter jusqu’à six ans, certaines entreprises considèrent que c’est la seule durée à respecter. En oubliant que le droit comptable, lui, impose dix ans. Résultat : des factures supprimées trop tôt, ou pire, conservées sans aucune garantie de conformité, ce qui revient presque au même.

Et puis, il y a la méthode : archiver dans un coin de serveur, sur une boîte mail ou un disque dur externe, sans aucune sécurisation sérieuse… c’est prendre le risque de tout perdre ou de ne pas pouvoir prouver l’authenticité du document en cas de contrôle.

Oublier ce qui donne une valeur légale à une facture

Beaucoup ignorent que pour qu’une facture électronique ait une valeur probante, il faut plus qu’un simple fichier. Sans signature électronique, sans horodatage fiable, sans scellement, la facture n’est qu’un document parmi d’autres. Un PDF non protégé ou, pire, un fichier Word modifiable, ne suffira pas à convaincre un auditeur.

Le bon réflexe ? Utiliser des formats non altérables (PDF/A notamment) et intégrer des mécanismes de preuve dès l’émission.

Perdre du temps… faute d’organisation

Avoir des factures, c’est bien. Savoir les retrouver, c’est mieux. L’absence d’un système de classement logique ou d’indexation rend l’accès aux documents fastidieux, voire impossible dans les délais exigés. Et dans le cadre d’un contrôle fiscal, chaque minute compte.

Ce n’est pas forcément un sujet technique : parfois, il suffit d’un plan de nommage cohérent ou d’un moteur de recherche intégré à son outil d’archivage pour gagner un temps précieux.

Ne rien formaliser (et s’en remettre au hasard)

Sans politique d’archivage clairement définie, difficile de justifier quoi que ce soit. Qui a accès à quoi ? Comment les documents sont-ils stockés ? Quelle preuve que rien n’a été modifié ? Si ces éléments ne sont pas documentés, toute la stratégie d’archivage perd sa valeur.

Un journal des accès, des logs de conservation, des procédures écrites : tout cela peut paraître bureaucratique, mais devient essentiel dès qu’un contentieux ou un contrôle survient.

Croire qu’un outil de facturation suffit à tout faire

Enfin, la confiance aveugle dans les logiciels de facturation est un piège classique. Certains croient que tout est pris en charge automatiquement, y compris l’archivage probant. Or, ce n’est pas systématique. Un outil peut très bien envoyer les factures sans les conserver de manière certifiée.

Il faut donc vérifier que la solution utilisée est conforme aux normes en vigueur et qu’elle intègre une vraie gestion d’archivage — avec les garanties légales qui vont avec.


En 2025, archiver ses factures électroniques correctement, c’est déjà anticiper 2026. C’est éviter les mauvaises surprises, les sanctions, et s’offrir une juste sérénité administrative. Loin d’un simple sujet IT, c’est un enjeu stratégique qui touche à la conformité, à la réactivité, et à la réputation de l’entreprise.

Alors autant faire les choses bien, dès maintenant.

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